Tijdens de bloeiperiode van Antwerpen vond een groot deel van het vervoer over het water plaats. De Schelde was al in de middeleeuwen een belangrijke waterweg, alhoewel deze toen nog niet rechtstreeks in verbinding stond met de Noordzee. Die rechtstreekse verbinding kwam er pas later. De Schelde was en is nog steeds de belangrijkste waterweg in Antwerpen. Vroeger waren er veel meer waterwegen. De zogenaamde ruien en leien in Antwerpen waren vroeger een belangrijk onderdeel van het stadsleven. Ze waren de levensader van de stad, die voorzag in water, transport en riolering. De meeste van deze waterwegen zijn inmiddels gedempt. Een deel van de ruien is ondergronds nog intact.
Een aantal waterwegen is nog steeds aanwezig in Antwerpen, zoals de Schelde. In het later aangelegde noordelijk havengebied zijn tal van dokken en kanalen aanwezig en ook de wijk Eilandje kent verschillende dokken zoals de Bonapartedok, de Kattendijkdok en de Aisadok. Het 129,5 kilometer lange Albertkanaal verbindt de Schelde met de Maas, waardoor Antwerpen via deze waterweg in verbinding staat met Belgische steden zoals Hasselt, Geel, Genk en Luik. Het Albertkanaal loopt door het noordelijke deel van de stad Antwerpen heen.
De overgang van waterverkeer naar wegverkeer heeft de infrastructuur van Antwerpen op verschillende manieren drastisch veranderd. Waterwegen werden wegen, dokken werden pleinen en er ontstond een behoefte aan bruggen en tunnels. In en rond de stad Antwerpen vind je daardoor tal van bruggen en tunnels die ervoor moeten zorgen dat het hedendaagse verkeer zich onder of over de nog bestaande waterwegen kan verplaatsen.